Tổ đình Ấn Quang được xây dựng cách nay không lâu, nhưng lại giữ một vị trí rất đặc biệt trong lịch sử Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
Nơi đây đã từng chứng kiến nhiều sự kiện quan trọng trong những bước thăng trầm và phát triển của đạo Phật ở miền Nam. Chùa Ấn Quang đã là nơi đặt trụ sở của Phật học đường Nam Việt, Giáo hội Tăng già Nam Việt (1959-1963), văn phòng Viện Hóa Đạo và Viện Tăng Thống (1976 - 1980), nay là trụ sở Ban Trị sự Thành hội Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh thuộc Giáo hội Phật giáo Việt Nam (từ năm 1982).
Chùa Ấn Quang hiện tọa lạc tại 243 Sư Vạn Hạnh, Quận 10, thành phố Hồ Chí Minh. Chùa được Hòa thượng Thích Trí Hữu từ chùa Linh Ứng ở Ngũ Hành Sơn, Đà nẵng vào lập nên vào năm 1948. Lúc đầu đây chỉ là một ngôi Phật tự nhỏ bằng cây lợp lá, mang tên là Ứng Quang Tự.
Năm 1950, Hòa thượng Thích Thiện Hòa (1907 - 1978), thuộc dòng thiền Lâm Tế đời thứ 43, sau 10 năm tu học về đạo pháp và giới luật tại Tây Thiên Phật học đường, Báo Quốc Phật học đường và chùa Quán Sứ, trở về Sài Gòn. Ngài được Hòa thuợng Thích Trí Hữu giao cho quyền quản lý chùa Ứng Quang để hoằng dương Phật pháp. Với tư cách là Viện chủ, Hòa thượng Thích Thiện Hòa đã cho xây dựng ngôi chánh điện theo kiểu chùa Từ Đàm ở Huế. Từ đó trong suốt hơn một phần tư thế kỷ, Hòa thượng Thích Thiện Hòa đã hiến trọn tâm trí và công đức để tôn tạo ngôi chùa và thành lập trường Phật học để giáo dục và hoằng pháp.
Đầu năm 1951, Hòa thượng Thích Thiện Hòa đã vận động các trường Phật học Liên Hải, Mai Sơn, Sùng Đức và Ứng Quang hiệp nhất thành Phật học đường Nam Việt. Chùa Ứng Quang được đổi tên thành Ấn Quang và được chọn làm trụ sở của Phật học đường. Hòa thượng Thích Thiện Hòa được bầu làm Tổng giám đốc.
Năm 1955, chùa xây dựng thêm dãy lẫu nhà tổ và trai đưởng. Liên tục hai năm sau đó, xây nhà in Sen Vàng, xưởng nhang Bổ Đè, thư viên, nhà xuất bản, nhà phát hành Hương đạo. Năm 1959, xây lại dãy lầu giảng đường. Đến năm 1966, chánh điện được tôn tạo; năm sau lầu tăng xá, nhà trai được tái thiết. Kiến trúc chùa được xây dựng theo đồ án của kiến trúc sư Nguyễn Hữu Thiện. Bên trong chùa ngoài tượng đức Bổn Sư Thích-ca và tượng các vị Phật được tôn trí trang nghiêm tại chánh điện, còn có tượng Tổ Sư Đạt ma (tạc bằng gỗ) và bộ tranh sơn mài Quan Âm, Văn-thù, Phổ Hiền do nghệ nhân Trương Văn Thanh (tức Đại đức Minh Tịnh) thực hiện.
Từ năm 1974, do Hòa thượng Thích Thiện Hòa lâm bệnh nặng, một Hội đồng Quản trị Tổ đình Ấn Quang gồm chín vị, do Hòa thượng Thích Huệ Hưng làm Tổng lý, đã được bầu ra để đảm đương Phật sự. Hòa thương Thích Thiện Hòa viên tịch năm 1978. Tên tuổi Hòa thương gắn liền không chỉ với sự nghiệp mở mang chùa Ấn Quang và còn với sự nghiệp đào tạo hàng trăm giảng sư và hàng nghìn Tăng Ni sinh làm sứ giả của Như Lai đi bổ xứ trụ trì các chùa ở các tỉnh miền Nam.